Post by Dr. Meshari Ahmed Alhadlaq, TOT
Microbial genomics PI | interested in food-borne and cosmetic-borne pathogens
تشرفت خلال الأسبوعين الماضيين بالحصول على دعوة تدريبية كريمة من البروفيسور دانيش مرادي أستاذ العلوم البيولوجية والمعلوماتية الحيوية في جامعة الملك عبدالله للعلوم والتقنية (كاوست) تم التركيز فيها على كثير من المهارات البرمجية مع مجموعة مركزة من المحاضرات ذات العلاقة. التدريب تحت عنوان Infectious Disease Concepts وشمل العديد من برامج التحليل البيولوجي المتقدمة مثل: · Rstudio المتخصص برسم البيانات الحيوية وكيفية جعل التطبيق مناسب للمشاريع عن طريق إستخدام الأدوات المناسبة · FigTree المتخصص برسومات شجرة التطور · Artemis يعتبر من الأدوات الأساسية للبحث داخل الجينوم · Tracer لمعرفة فترات بداية وانتشار وانحصار الفاشيات · Bandage عرض وتصور روابط ومخططات تجميع الجينوم · AliView أداة مطابقة الجينوم لمعرفة الإختلافات · Beast أداة ذات إضافات مميزة لبناء شجرة التطور والعديد من المواقع المهمة في تحديد أماكن عزل السلالات الممرضة حول العالم مثل: · Spread المخصص لرسم مسارات الفاشيات · Patho المخصص للإطلاع على آماكن الفاشيات حول العالم أنواع تحاليل: · Hamming Histance مقياس يحسب عدد الاختلافات (الاستبدالات المباشرة) بين تسلسلين جينيين متساويين في الطول. · De Bruijn Graph التحليل الأساسي المبني على k-mer لبناء التجمع الجينومي · والعديد من التحليل الأساسية مثل Bayesian Analysis و Jaccard Index و Alpha & Beta Diversity الجدير بالذكر كل هذه الدروس تم تطبيقها من خلال الولوج للكمبيوتر فائق القدرة داخل جامعة كاوس وهو الفريد من نوعه بالعالم عن طريق أداة أي بكس IBEX الحصرية للمستفيدين داخل الحرم الجامعي فقط. مرة آخرى أكرر شكري للبروفيسور دانش على رحابة صدره وعطائه المميز وعسى آن نكون عن حسن الظن, والشكر موصول لمجموعته المميزة وعلى رأسهم الأستاذات سارة افتخار وناتالي ينكوفا وأمنية فلاته. الشكر موصول للدكاترة نايف الحربي وتركي أبوجامل وخلود الزهراني في الإدارة التنفيذية للمختبر المرجعي على ترشيحهم لي لهذا التدريب المهم.
