Post by Matematik ve Yapay Zeka Enstitüsü

Matematik ve Yapay Zeka Enstitüsü araştırmacısı Fatma Şengüler Çiftçi ve Koç Üniversitesi öğretim üyesi Burak Erman tarafından hazırlanan "Generalizing the Gaussian Network Model: Spanning-Tree Thermodynamics Shows Entropy-Driven KRAS Activation" isimli makale Proteins dergisinde yayınlandı. Açık erişimli makale bağlantısı: https://lnkd.in/dJvtK6Sr Bu çalışmada, KRAS proteininde kanserle ilişkili G12D mutasyonunun allosterik sinyallemeyi nasıl değiştirdiği incelendi. Bunun için protein içindeki amino asit temas ağlarına dayalı bir çizge yöntemi kullanıldı. Sonuçlar, G12D mutasyonunun proteinin genel ısı kapasitesini yaklaşık %27 azalttığını ve sinyal iletimini daha katı, düşük değişkenlik gösteren yollar üzerinde yoğunlaştırdığını gösterdi. Araştırmacılar bu etkiyi, kanserleşmiş durumu sabitleyen bir “topolojik kilit” olarak tanımlıyor. Bu yaklaşım, protein temas ağlarında allosteriyi incelemek için yoğun simülasyon gerektiren yöntemlere daha doğrudan ve kesin bir alternatif sunuyor.